L’organizzazione della Resistenza prende forma progressivamente, facendo fronte a una molteplicità di problemi che si presentano e si chiariscono con lo sviluppo delle formazioni partigiane. Gli organismi politici (il Cln) e soprattutto militari (il Cmrp) che la guidano devono innanzi tutto trovare e garantire con continuità i finanziamenti necessari a sostenere la lotta, ma anche coordinare le differenti formazioni, diramare istruzioni sulle azioni da compiere e sulla condotta da tenere (sulle più diverse questioni: durante i combattimenti e i rastrellamenti, nel reclutare nuovi volontari, nel suddividere e distribuire le forze, nei rapporti con la popolazione, nelle relazioni con le altre bande ecc.).

Organizzare la Resistenza vuole anche dire stabilire chiare norme di comportamento per i partigiani e mantenere la disciplina all’interno di ogni singolo gruppo, per fare in modo che gli attriti che si possono verificare nella convivenza quotidiana tra le persone, eventuali scorrettezze di singoli, nei confronti della popolazione o dei compagni, inadempienze durante le azioni rischino di compromettere l’efficienza e la sicurezza delle formazioni.
Parte integrante dell’organizzazione è anche l’“educazione” dei combattenti. In gran parte delle formazioni è presente la figura del commissario politico: prima ancora di diffondere un orientamento politico specifico (a seconda del partito cui le bande si richiamano) con discussioni e distribuzione di pubblicazioni e giornali, egli è chiamato a discutere con i partigiani per chiarire i motivi ideali della lotta intrapresa, per sottolinearne le esigenze. Discussioni e riflessioni che, a prescindere dai contenuti specifici, dopo vent’anni di dittatura e di pensiero unico inculcato dal fascismo, sono di per sé un’educazione alla democrazia.